Отделение геномных технологий

Отделение геномных технологий самым современным оборудованием для проведения широкого спектра исследований в области молекулярной биологии и геномики. Широкий спектр общелабораторного оборудования (морозильные камеры, ламинары, центрифуги, в т.ч. ультрацентрифуги, шейкеры, вортексы, оборудования для проведения, визуализации и документирования электрофореза), широкий круг амплификаторов для проведения ПЦР в т.ч. с детекцией в реальном времени, предполагает возможность проведения всех основных молекулярно-генетических процедур, начиная от выделения нуклеиновых кислот (ДНК/РНК) и заканчивая самыми современными методами.

Оборудование

Геномный секвенатор GS Junior Roch, Швейцария, 2010 г.

Система GS Junior разработана на основе технологии пирофосфатного секвенирования 454 Life Sciences. Уникальная автоматическая система для параллельного анализа более ста тысяч фрагментов, при средней длине анализируемого фрагмента в 400 нуклеотидов. Эта система является новым стандартом при секвенировании небольших геномов de novo, частичном или локальном ресеквенировании, метагеномном анализе, исследованиях транскриптомов, при решении задач сравнительной метагеномики и многих других. Основным отличием от других платформ секвенирования является возможность быстро получать последовательность длинных фрагментов, что позволяет проводить последующий биоинформатический анализ в автоматическом режиме без использования сложной и дорогостоящей компьютерной инфраструктуры.

Полностью автоматизированная и интегрированная платформа для проведения молекулярно-биологических реакций в нанолитровых объемах Parallab® 350 Parallabs Inc., США, 2009 г.

Полностью автоматизированная и интегрированная платформа для проведения циклического секвенирования в нанолитровых объемах, а также ПЦР, однонуклеотидных полиморфизмов и реакций генотипирования. Производительность системы Parallab 350 может достигать 1600 образцов в сутки.

Система электрофореза на микрочипах для исследования нуклеиновых кислот MultiNA Shimadzu, Япония, 2010 г.

Система для электрофореза на микрочипе MultiNA используется для качественного (определение размера) и количественного анализа продуктов полимеразной цепной реакции, фрагментов рестрикции ДНК, синтетических олигонуклеотидов (например, праймеров для ПЦР), плазмид и т.п. Определение уровня экспрессии генов, идентификация и количественный анализ транскриптов, контроль качества синтезированной in vitro матричной РНК, контроль чистоты выделенной РНК, контроль целостности матричной РНК.

Автоматический секвенатор CEQ 8000 Beckman Coultier, США, 2003 г.

Автоматическое определение нуклеотидной последовательности молекул ДНК и анализа ДНК-фрагментов от 100 до 600 пн.

Аппарат для ПЦР в реальном времени Rotor-Gene Q Qiagen, Германия, 2010 г.

Проведение полимеразной цепной реакции в реальном времени, изучение степени гомологии фрагментов ДНК методом высокоточного плавления, высокоточное измерение концентраций ДНК с использованием флуоресцентных красителей.

Услуги, оказываемые отделением

Анализ микробиоты в объектах окружающей среды (почва, вода, воздух, ткани, материалы и.т.д.) с использованием молекулярных методов:

количественное определение основных групп микроорганизмов в ДНК/РНК, выделенной из окружающей среды с использованием ПЦР с детекцией в реальном времени (бактерии, археи, грибы);
таксономический анализ структуры микробиоты с использованием метода T-RFLP (ДНК/РНК) (бактерии, археи, грибы), кластерный анализ выявленных профилей (Bionumerics);
таксономический анализ видовой структуры микробиоты (бактерии, археи, грибы) с использованием частичного секвенирования библиотек (ДНК/РНК) таксономически значимых генов с предварительным RFLP-скринингом библиотеки клонов;
таксономический анализ видовой структуры микробиоты (бактерии, археи, грибы) с использованием полного секвенирования библиотек (ДНК/РНК) таксономически значимых генов с использованием пиросеквенирования (до 10 000 нуклеотидных последовательностей на образец, Junior GS).

Анализ таксономической принадлежности объектов живой природы

Выделение ДНК из различных организмов (бактерии, археи, грибы, растения);
Амплификация и клонирование таксономически значимых участков рибосомального оперона (гены субъединиц рибосомы, межгенные участки);
Секвенирование и таксономический анализ нуклеотидных последовательностей, филогенетический анализ.

Анализ экспрессии генов

Выделение РНК из различных организмов (бактерии. археи, грибы, растения) и обратная транскрипция;
Количественный анализ экспрессии с использованием ПЦР с детекцией в реальном времени;
Анализ транскриптома с использованием секвенатора Junior GS.

Клонирование и секвенирование генов и участков генома

Конструирование вырожденных праймеров для амплификации гомологов известных генов;
Амплификация и секвенирование участков генома (до 10-15 тпн).

Геномный фингерпринтинг

AFLP (бактерии, археи, грибы, растения) с использованием флуоресцентно меченых праймеров и капиллярного электрофореза;
Макрорестрикционный анализ геномов бактерий (с использованием пульс-фореза);
Кластерный анализ фингерпринтов (Bionumerics).